Sinds vrijdag is er in het grootste deel van het landbouwgebied minstens 70 millimeter (2,76 inch) regen gevallen, met pieken van 140 millimeter in sommige delen.
"Er beginnen zich grote zorgen te maken over de sojabonenoogst omdat er veel gebieden zijn die nog niet klaar zijn met drogen," zei Cristian Russo, hoofd landbouwramingen van de beurs.
Argentinië is een van de grootste sojaproducenten ter wereld.
De regenval komt bovenop de meer dan normale 200-400 millimeter neerslag in maart - een schril contrast met de historische droogte die de sojaoogst van vorig seizoen teniet deed.
De zware regens maken het moeilijk voor oogstmachines om de velden te betreden, met het risico op verliezen door ziekten of het rijpen van sojabonen in hun peulen.
"Alles zal afhangen van de vraag of dit fenomeen overgaat en of we snelle droogomstandigheden krijgen," zei Russo.
Vorige week verlaagde Russo zijn schatting voor de sojabonenoogst van 2023/24, die in maart begon, naar 51 miljoen ton vanwege een hittegolf in januari en februari.
De nationale meteorologische dienst van Argentinië voorspelt een uitstel van de regens in de Pampas vanaf dinsdag, gevolgd door vijf dagen van droog en zonnig tot gedeeltelijk bewolkt weer.
Volgens de graanbeurs van Buenos Aires oogstten de boeren bijna 11% van de met soja beplante grond tot de regens afgelopen donderdag begonnen.
Ongunstige omstandigheden voor sojabonen kunnen een boost geven aan het Argentijnse tarweseizoen 2024/25, dat de boeren volgende maand beginnen in te zaaien.
Russo zei dat de regens ook zouden kunnen helpen bij het planten van tarwe en voor de maïs- en sojabonenoogst van volgend seizoen, waarvan het planten in september begint.
De regens zouden een buffer kunnen vormen terwijl Argentinië wacht op het weerfenomeen La Nina, dat in juni begint en naar verwachting drogere omstandigheden zal veroorzaken. (Verslaggeving door Maximillian Heath; Bewerking door Leslie Adler)
