Rudd, een voormalig premier, had de opmerkingen over Trump eerder gemaakt in zijn hoedanigheid als hoofd van een in de V.S. gevestigde denktank, aldus een verklaring op zijn persoonlijke website.
Onder de verwijderde opmerkingen, had Rudd in 2020 Trump omschreven als "de meest destructieve president in de geschiedenis".
"Uit respect voor het ambt van president van de Verenigde Staten, en na de verkiezing van president Trump, heeft ambassadeur Rudd deze commentaren uit het verleden van zijn persoonlijke website en sociale mediakanalen verwijderd," aldus de verklaring.
Rudd wilde "de mogelijkheid uitsluiten dat dergelijke commentaren verkeerd geïnterpreteerd zouden worden als een weergave van zijn standpunten als ambassadeur en, bij uitbreiding, de standpunten van de Australische regering," voegde hij eraan toe.
De minister van Buitenlandse Zaken van Australië, Penny Wong, zei op donderdag dat de centrumlinkse regering onder leiding van Anthony Albanese vertrouwen had in haar alliantie met de Verenigde Staten, haar grootste veiligheidspartner, inclusief de AUKUS-deal waarbij Australië de komende tien jaar nucleair aangedreven onderzeeërs van de Verenigde Staten zal kopen.
Wong zei donderdag in radio- en televisie-interviews dat ze een ontmoeting had gehad met Mike Pompeo, die tijdens de verkiezingscampagne minister van Buitenlandse Zaken was in de vorige regering-Trump, en dat er tweepartijdige steun was voor AUKUS.
"De Verenigde Staten zijn onze belangrijkste strategische partner. We delen zeer, zeer duidelijke strategische doelstellingen," vertelde ze aan het programma Today. "We willen allebei een stabiele en vreedzame regio, en er is tweepartijdige steun voor AUKUS, dat daar een belangrijk onderdeel van is."
Toen Trump in maart in een Brits tv-interview werd gevraagd naar de opmerkingen van Rudd, zei hij dat Rudd "niet de slimste bol" en "vervelend" was.
"Hij zal er niet lang meer zijn als dat het geval is," zei Trump.
Wong zei dat ze Rudd's vermogen om met een Republikeinse regering samen te werken steunde.
Rudd was de directeur van de Asia Society denktank in New York tot 2023, toen hij werd benoemd tot ambassadeur.