Demonstranten stichtten ten minste één brand en staken vuurwerk af voor het Hooggerechtshof.
De regering heeft in San Salvador gewapende politie ingezet om de menigte in bedwang te houden.
Gloria Martinez behoorde tot degenen die zeggen dat Bitcoin te riskant is.
"Dit is een wet die zonder overleg tot stand is gekomen. Er wordt geen rekening gehouden met de belangen van de bevolking. Het is een wet die met kracht is ingevoerd, zonder adequate technologische infrastructuur om er goed gebruik van te kunnen maken. Het is een wet die ons dwingt een munteenheid te gebruiken die volatiel is."
Uit peilingen blijkt dat veel Salvadoranen het ermee eens zijn dat bitcoin niet stabiel genoeg is.
En het heeft de voorstanders wellicht niet geholpen toen eerder op dinsdag bleek dat de digitale portemonnee van Bitcoin, genaamd "Chivo", niet beschikbaar was in de populaire app stores.
De president van het land, Nayib Bukele, riep in een tweet bedrijven als Apple op om de app op voorraad te nemen en Huawei deed dat later ook.
De app bleek de registraties van gebruikers niet aan te kunnen, dus werd de stekker eruit getrokken om de capaciteit te vergroten.
Uiteindelijk retweette Bukele aan het eind van de middag video's van mensen die bitcoinbetalingen deden bij retailers als Mcdonald's en Starbucks.
Vooruitlopend op de lancering kocht El Salvador voor zo'n 20 miljoen dollar aan Bitcoin, met de boodschap dat het een manier is voor gewone mensen om te investeren in financiële markten.
Toch zullen de allerarmsten waarschijnlijk moeite hebben om toegang te krijgen tot de technologie die nodig is om Bitcoin te laten werken in een land waar bijna de helft van de bevolking geen toegang heeft tot internet, en nog veel meer mensen een slechte verbinding hebben.
