In een uitzending op de staatstelevisie zei politiechef Abraham Peter Manyuat dat de avondklok tot nader order dagelijks van 18.00 tot 06.00 uur zou duren om de veiligheid te herstellen en de vernietiging van eigendommen te voorkomen.
"De politie zal geen enkele overtreding tolereren," zei hij.
Donderdagavond raakten vier mensen gewond in de Zuid-Sudanese hoofdstad Juba, sommigen door kogels en machetes, toen jongeren in verschillende buitenwijken winkels van Soedanezen plunderden en vernielden.
Op vrijdag werden winkels in veel buitenwijken van Juba gesloten omdat de politie en andere veiligheidstroepen probeerden om Soedanezen naar veiliger gebieden te brengen uit angst dat ze door relschoppers aangevallen zouden kunnen worden.
De rellen volgen op de vermeende moord op Zuid-Sudanezen door leden van het Sudanese leger en gelieerde groepen in de stad Wad Madani in de Sudanese regio El Gezira.
Dinsdag veroordeelde het Soedanese leger wat het "individuele schendingen" noemde in El Gezira, nadat mensenrechtengroeperingen het leger en zijn bondgenoten beschuldigden van etnisch gerichte aanvallen op burgers die beschuldigd werden van steun aan de rebellen van de Rapid Support Forces (RSF).
Het Soedanese leger vecht al bijna twee jaar tegen de strijders van de RSF in een burgeroorlog.
Het ministerie van Buitenlandse Zaken van Zuid-Sudan heeft eerder deze week de ambassadeur van Sudan ontboden vanwege de vermeende moorden, en president Salva Kiir Mayardit riep op tot kalmte.
"Het is cruciaal dat we niet toestaan dat woede ons oordeel vertroebelt of dat we ons keren tegen Soedanese handelaren en vluchtelingen die momenteel in ons land verblijven," zei zijn kantoor in een verklaring.