Oxford Nanopore Technologies Limited heeft aangekondigd dat de Short Fragment Mode geïntegreerd zal worden in de besturingssoftware die de nanopore-apparaten aanstuurt, waardoor het mogelijk wordt om op nanopore-platforms sequenties te bepalen van fragmenten zo kort als 20 basen. Met nanoporetechnologie is het mogelijk korte tot ultra-lange DNA-fragmenten te sequencen. Recente ontwikkelingen in de software hebben Oxford Nanopore in staat gesteld de mogelijkheid te "ontsluiten" om de kortste DNA-fragmenten te sequencen, tot een lengte van 20 basen. De korte fragmentmodus is ook gekoppeld aan het vermogen van Oxford Nanopore om hoge outputs per flowcel te genereren (met meer dan 250M reads aangetoond op een enkele PromethION flowcel) van informatierijke gegevens. Gebruikers kunnen nu gemakkelijk toegang krijgen tot methyleringsinformatie van korte moleculen, zoals celvrij DNA, met behulp van het nieuwste methyleringsdetectieprogramma Remora.