Oxford Nanopore heeft, in samenwerking met Quadram Institute Bioscience (QIB), aangekondigd dat het een nieuwe snelle workflow heeft ontwikkeld die in een fase I-studie is aangetoond voor de identificatie van DR-TB en die, wanneer zij gevalideerd wordt, clinici zou kunnen helpen om de ziekte in de toekomst wereldwijd aan te pakken. Geneesmiddelenresistentie is een belangrijke hinderpaal voor de wereldwijde inspanningen om de incidentie van TB, die in 2020 na COVID-191 de tweede belangrijkste infectiekiller was, terug te dringen. Het gebrek aan snelle, nauwkeurige en informatierijke tests voor DR-TB verergert de verspreiding ervan; grote organisaties in de gezondheidszorg en niet-gouvernementele organisaties (ngo's) hebben op sequencing gebaseerde tests op geneesmiddelenresistentie als prioriteit aangemerkt. In 2019 werd het Seq&Treat-programma gelanceerd om verbeterde DR-TB-detectie te onderzoeken door sequencing in klinische settings te introduceren en de invoering ervan te versnellen. Oxford Nanopore heeft samen met QIB met succes fase I afgerond van een DR-TB gerichte next-generation sequencing (NGS) studie als onderdeel van Seq&Treat, met subsidie gefinancierd door Unitaid en geleid door de Foundation for Innovative New Diagnostics (FIND). Het betrof de ontwikkeling van een snelle end-to-end sequencing workflow om mutaties te identificeren die geassocieerd zijn met geneesmiddelenresistentie in het TB-genoom, rechtstreeks uit klinische monsters als onderdeel van een onderzoeksstudie. De nanopore-gerichte sequencingoplossing slaagde in de analytische evaluatie van fase I door de belangrijkste prestatiedoelen van de Wereldgezondheidsorganisatie (WHO) te bereiken of te overtreffen, waaronder genotypische gevoeligheid (>98%), genotypische specificiteit (>98%), uitvallimiet ( < 1000 cellen) (0%), doorlooptijd (doel < 24 uur, bereikt 8 uur) en vermogen om gemengde resistentie te detecteren (=10% detectie van heteroresistentie). Oxford Nanopore is nu gevorderd tot Fase II, waar de prestaties van de oplossing vanaf april 2022 zullen worden geëvalueerd in een prospectieve klinische studie in India, Zuid-Afrika en Georgië. Succes in deze en de laatste fase zal naar verwachting resulteren in de bevestiging dat de Oxford Nanopore sequencing-oplossing voldoet aan de criteria voor diagnostische prestaties die zijn uiteengezet in het NGS Target Product Profile (TPP) dat door FIND/WHO is vastgesteld voor de klinische diagnose van geneesmiddelenresistente TB. De Oxford Nanopore sequencing oplossing is alleen beschikbaar als een life science onderzoeksinstrument. TB blijft een van de dodelijkste ziekten ter wereld, met naar schatting 10 miljoen gerapporteerde nieuwe gevallen in 2020, 1,5 miljoen sterfgevallen en drie miljoen ongediagnosticeerde patiënten. Multiresistente TB (MDR-TB) en extensief geneesmiddelenresistente TB (XDR-TB) vormen een grote bedreiging voor de TB-bestrijding, aangezien zij ruwweg 10% van de gediagnosticeerde gevallen vertegenwoordigen en de behandeling van getroffen patiënten 50 tot 200 keer duurder is dan die van patiënten met geneesmiddelengevoelige TB. Slechts ongeveer één op de drie mensen met medicamenteuze DR-TB heeft in 2020 toegang gekregen tot behandeling, waardoor de meerderheid van de DR-TB-patiënten geen toegang heeft tot passende zorg. Snelle en uitgebreide opsporing van resistentie, rechtstreeks uit patiëntenmonsters (sputum of ontsmet sputum), is nodig om een passende therapie voor DR-TB te kunnen instellen. Nanopore gerichte sequencing kan snellere en meer omvattende gegevens opleveren, die door clinici gebruikt kunnen worden om resistentie tegen geneesmiddelen beter vast te stellen dan de huidige kweek- en moleculaire methoden. Dit is niet de eerste keer dat nanoporetechnologie in onderzoek is gebruikt om het potentieel aan te tonen om DR-TB aan te pakken. In een studie uit 2018 onderzocht een onderzoeksteam de mogelijkheid van point-of-care TB whole genome nanopore sequencing op het platteland van Madagaskar met behulp van het draagbare MinION-apparaat. Dit omvatte capaciteitsopbouw door 20 plaatselijke wetenschappers op te leiden om de nanoporetechnologie voor DR-TB DNA-sequencing te gebruiken. De draagbaarheid, veelzijdigheid en lage kapitaalkosten van de MinION maakten dit ideaal voor gerichte sequencing van de volgende generatie voor DR-TB-surveillance en heeft het potentieel om een oplossing te worden voor het testen van de gevoeligheid voor geneesmiddelen (DST). Het team concludeerde dat het onderzoek heeft aangetoond dat dit een veelbelovende DST-oplossing is en vond dat het snelle, klinisch relevante gegevens verschafte om complexe DR-TB te helpen beheren.