De praktijken voedden hoge consumentenprijzen door andere winkeliers, van grote kruideniersketens tot onafhankelijke buurtwinkels, meer te laten betalen, aldus de FTC.
In de rechtszaak die in New York werd aangespannen, wordt beweerd dat de frisdrankfabrikant de Robinson-Patman Act heeft overtreden, een wet die decennialang grotendeels niet werd gehandhaafd door de federale overheid.
Walmart en PepsiCo reageerden niet onmiddellijk op verzoeken van Reuters om commentaar.
"De actie van de FTC zal ervoor zorgen dat alle kruideniers en andere bedrijven - ongeacht hun grootte - een eerlijke kans krijgen en kunnen concurreren op basis van hun vaardigheden, efficiëntie en talent," zei aftredend FTC-voorzitter Lina Khan in een verklaring.
De twee Republikeinse commissarissen van de FTC, waaronder Andrew Ferguson, die de commissie zal voorzitten nadat de gekozen president Donald Trump maandag aantreedt, stemden tegen de zaak.