China's blue-chip CSI 300 Index en de Shanghai Composite Index daalden beide 0,9% bij het sluiten van de beurs en markeerden daarmee hun grootste terugval op één dag in bijna twee weken.
De Hang Seng Index, de referentie-index van Hongkong, daalde met 1,6% en kwam daarmee niet meer uit de hoogste stand van vijf weken.
De onshore yuan verzwakte ongeveer 0,2%, ondanks het feit dat de centrale bank de middenkoers vaststelde op meer dan twee maanden hoog.
Trump zei dinsdag dat zijn regering overweegt om volgende maand al een strafheffing van 10% op Chinese importen in te stellen, omdat er nog steeds fentanyl vanuit China via Mexico en Canada naar de VS wordt verzonden.
Dat maakte een einde aan de kortstondige opluchting in de Aziatische handelsuren van dinsdag, nadat Trump op zijn eerste dag in functie op maandag had afgezien van het aankondigen van China-specifieke tarieven.
"Zijn opmerkingen werden terloops gemaakt. Over het algemeen is hij voorzichtig, beïnvloed door verschillende factoren zoals de hoge inflatie in de Verenigde Staten, de fentanyl, en problemen rond TikTok, etc," zei Liang Ding, een analist bij onderzoeksbureau Macro Hive.
Trump zal waarschijnlijk wachten op de resultaten van de herziening van de Fase I handelsovereenkomst om wat tijd te winnen voor de dialoog met China, voegde hij eraan toe.
Tijdens zijn verkiezingscampagne beloofde Trump steile tarieven van 60% op te leggen op goederen uit China om het handelstekort, dat nu jaarlijks $1 biljoen overschrijdt, terug te dringen.
Als de tarieven uiteindelijk worden verhoogd, zou dat een zware klap kunnen betekenen voor de op één na grootste economie ter wereld, die worstelt met een aanhoudende vastgoedcrisis en een zwakke consumentenvraag die zwaar op de economische activiteit drukt.
De vastgoedsector, die de dalingen onshore aanvoerde, tuimelde 4,1%, waarmee de winsten van de dag ervoor werden afgezwakt.
De Chinese chipsector gaf eerdere winsten ook op en daalde met 1%, nadat Trump een investering door de privésector aankondigde van maximaal $500 miljard voor de financiering van infrastructuur voor kunstmatige intelligentie om concurrerende landen te overtreffen.