Bussen van de Mexicaanse immigratiedienst brachten de migranten naar faciliteiten in Huixtla, slechts 41 km ten noorden van de zuidelijke stad Tapachula bij de Guatemalteekse grens.
Nadat migranten een reisvergunning hebben aangevraagd, kunnen de Mexicaanse autoriteiten een jaar lang gratis door Mexico reizen en vervolgens naar de grens met de VS en andere centra in de deelstaat Chiapas.
Aan het begin van de woensdag wachtten zo'n 2.000 migranten van de karavaan nog steeds op bussen terug naar Huixtla in Mapastepec, zo'n 120 km ten noorden van de grens met Guatemala.
Luis Garcia, die de karavaan leidt, zei dat er een akkoord was bereikt met het hoofd van de Mexicaanse immigratiedienst, zodat de migranten humanitaire passen en werkvergunningen konden krijgen.
De Mexicaanse immigratiedienst reageerde niet onmiddellijk op een verzoek van Reuters om commentaar te geven op de vergunningen of een overeenkomst.
"We zijn erg blij, want we hebben veel geleden, we hebben zonder eten gezeten, met niets, we hebben ruw geslapen," zei Diego Armando Zapata uit Colombia. "Als God het wil, krijgen we de bus en de vergunningen, zodat onze familie niet meer hoeft te lopen."
Anderen waren teleurgesteld dat ze waren teruggestuurd.
"We zijn een beetje teleurgesteld omdat we wat vooruitgang hebben geboekt," zei Paola Fuentes uit Venezuela. "Met vertrouwen in God zullen we het migratiecentrum bereiken en smeken om de visa om vooruit te komen."
In 2023 staken meer dan een half miljoen migranten - het dubbele van het record van het jaar daarvoor - de gevaarlijke Darien Gap over naar Centraal-Amerika, velen op de vlucht voor armoede, misdaad en conflicten en in de hoop toegang te krijgen tot de Verenigde Staten.
Mexicaanse en Amerikaanse functionarissen hebben beloofd nauwer samen te werken om het aantal migranten aan hun gezamenlijke grens in te dammen en Mexicaanse functionarissen hebben de handhaving opgevoerd, zei een hoge Amerikaanse functionaris dinsdag, waaronder het hervatten van uitzettingsvluchten naar Venezuela.
