De blue-chip NSE Nifty 50 index daalde 1,43% naar 17.284,75 tegen 0349 GMT, terwijl de benchmark S&P BSE Sensex 1,45% daalde naar 57.944,50.
Wetenschappers zeiden dat de nieuw geïdentificeerde variant in staat kan zijn om immuunreacties te omzeilen, wat bezorgdheid wekt over COVID-19 uitbraken en nieuwe beperkingen.
Ook de Aziatische markten kenden hun scherpste daling in twee maanden na het nieuws.
Auto's, banken en energieaandelen werden het zwaarst getroffen in de vroege handel in Mumbai, waarbij de sub-indexen tussen 1,5% en 1,7% daalden.
De Nifty Pharma Index was de enige subindex die tegen de trend in 0,4% hoger handelde.
