Boakai, die in de verkiezingen van november zijn voorganger George Weah versloeg, won met de belofte om de corruptie aan te pakken en de levensomstandigheden in het West-Afrikaanse land te verbeteren.
Het anti-corruptiebeleid omvatte ook een audit van de vorige regering.
In een verklaring op donderdag zei het presidentschap dat Boakai de algemene auditcommissie van Liberia had gevraagd om een audit uit te voeren van de centrale bank, het nationale veiligheidsagentschap en de uitvoerende beschermingsdienst.
De inspectie zal zich richten op de periode van 2018 tot 2023, en binnen drie maanden verslag uitbrengen van haar bevindingen.
Het markeert "het begin van een holistische audit van ministeries en agentschappen" in lijn met Boakai's inzet om fraude te bestrijden en transparantie te garanderen, aldus de verklaring.
De centrale bank reageerde niet onmiddellijk op een verzoek om commentaar.
In augustus 2022 schorste Weah drie overheidsfunctionarissen die door de Verenigde Staten op de vingers waren getikt voor hun naar eigen zeggen voortdurende betrokkenheid bij corruptie bij de overheid.
