De militaire kazerne in de Golf van Guinee werd kort na middernacht aangevallen, vertelde premier Patrice Trovoada tijdens een persbriefing op de privézender Radio Somos Todos Primos.
"We waren het doelwit van een poging tot staatsgreep, die rond 00:40 uur begon en... kort na 06:00 uur voltooid was," zei hij.
Vier aanvallers werden "geneutraliseerd" en vastgehouden, en de ex-voorzitter van de Nationale Assemblee, Delfin Neves, werd vrijdagochtend gearresteerd, voegde Trovoada eraan toe.
"Alles wijst erop (dat de staatsgreep plaatsvond onder) het bevel van enkele persoonlijkheden", voegde hij eraan toe.
Een voormalige soldaat, Arlecio Costa, is ook aangehouden in verband met de staatsgreep.
Het hoofd van West-Afrika's belangrijkste regionale blok ECOWAS, Guinee-Bissau President Umaro Sissoco Embalo, veroordeelde de couppoging op vrijdag.
"Sao Tomé en Principe is een land dat beschouwd wordt als een model van parlementaire democratie in Afrika," twitterde hij.
De voormalige Portugese kolonie, gelegen voor de westelijke equatoriale kust van Centraal-Afrika, is relatief stabiel sinds een poging tot militaire staatsgreep tegen de regering van president Fradique de Menezes in 2003.
De leiders van de coup zeiden destijds dat ze het regime omver wilden werpen vanwege de wijdverspreide armoede.
