Atos SE en de UCL hebben aangekondigd dat ze met succes het virussequencing-hulpmiddel Viridian, dat gebruikt wordt om mutatie van de SARS-Cov-2-stam van het coronavirus op te sporen, hebben uitgevoerd met een Arm®-gebaseerde Ampere® Altra®-processor in een cloud-native omgeving met de integratie-expertise van Atos. Deze proof of concept (PoC) werd gecoördineerd door Atos' Life Sciences Center of Excellence, dat tot doel heeft een cultuur van verkenning, ontdekking en co-creatie te bevorderen om de kracht van digitale technologieën aan te wenden om de precisiegezondheid te bevorderen en de ontdekking en ontwikkeling van geneesmiddelen te versnellen. Nu de gegevens exponentieel groeien en steeds moeilijker te verwerken zijn voor toepassingen in de biowetenschappen, vertrouwen wetenschappers op krachtige computers en parallelle computers om enorme hoeveelheden gegevens snel te verwerken en te analyseren.

Het op Arm Neoverse™-gebaseerde platform, de Ampere Altra, is gewijd aan cloud native workloads, wat betekent dat de simulatie en de resultaten niet alleen on-premise, maar direct in de cloud kunnen worden bereikt, op elk type HPC-platform en van overal. Dit zal nog gemakkelijker gaan met het gebruik van Atos' Nimbix Supercomputing Suite; die onderzoekers en wetenschappers flexibele, schaalbare en gebruiksvriendelijke cloud-oplossingen biedt voor rekenintensieve workflows. Nu steeds meer laboratoria Arm-gebaseerde oplossingen gebruiken, betekent deze succesvolle PoC dat zij Viridian op hun systemen zullen kunnen draaien, waardoor zij life science workflows kunnen bestuderen en verschillende mutaties in het SARS-CoV-2 genoom kunnen opsporen, om uiteindelijk COVID-19 te helpen bestrijden.

Bij dit werk zijn de expertisevaardigheden van een team van Atos- en Arm-deskundigen die zich op hardware- en software-optimalisaties hebben geconcentreerd, gecombineerd met een wetenschappelijk team van de UCL dat zich op wetenschappelijke toepassingen voor deze specifieke use-cases heeft toegelegd. Deze samenwerking heeft de optimalisatie van zowel software als hardware mogelijk gemaakt in deze co-designing inspanning om te voldoen aan de eisen van impactvolle en baanbrekende genomics workflows, die al in klinische settings worden ingezet.