MGI Tech Co., Ltd. kondigde een zeer efficiënte volledige workflowoplossing aan voor grootschalige Low-pass whole genome sequencing (Low-pass WGS) in de landbouw op basis van zijn eigen DNBSEQ? platforms tijdens de International Plant and Animal Genome Conference Asia (PAG Asia 2024) van dit jaar, die plaatsvindt op 5-7 juni in Shenzhen, China. De nieuwe oplossing bestaat uit een geautomatiseerde full-process productportfolio die ontworpen is voor grootschalige moleculaire veredelingsgenotypering van diploïde landbouwsoorten.

De volledige workflow omvat extractie, voorbereiding van de bibliotheek, sequentiebepaling en het aanroepen van SNP's en InDel. De nieuwe MGIEasy Large-scale PCR-Free FS Library Prep Set for Low-pass WGS, beschikbaar in twee specificaties, 96RXN en 384RXN, is speciaal ontworpen voor Low-pass WGS-toepassingen met een nieuwe plaatgebaseerde bibliotheekpreparaatmodule. Vergeleken met gangbare sets voor PCR-vrije bibliotheekpreparatie op de markt, hoeft u met deze kit geen zuiveringsstap uit te voeren en wordt de bibliotheekconstructie in drie eenvoudige stappen voltooid, waardoor u minder tijd en verbruiksartikelen nodig hebt.

In combinatie met de geavanceerde automatiseringsplatforms van MGI doorbreekt de Low-pass WGS-oplossing de doorvoerlimiet van gewone bibliotheekpreparatie. Het maakt gebruik van een kleiner aantal geautomatiseerde tools om een ultrahoge verwerkingscapaciteit te bereiken, terwijl een hoge mate van automatisering behouden blijft. Hierdoor kan grootschalige bibliotheekbereiding in korte tijd, tegen lage kosten en met grote automatiseringsvriendelijkheid worden uitgevoerd.

Voor sequencing zijn de productbundels voor high throughput en medium throughput Low-pass WGS respectievelijk uitgerust met de ultra-high-throughput DNBSEQ-T7 sequencer en de veelzijdige DNBSEQ-G400 benchtop sequencer, waardoor grootschalige agrarische genomics onderzoeksprojecten in korte tijd mogelijk worden. De eerste workflow die is uitgebracht omvat een varkensreferentiepanel en een software voor gegevensanalyse die is gebaseerd op GLIMPSE2, zodat gebruikers varkensgenotyperingen kunnen uitvoeren zonder hun eigen database te hoeven bouwen. Er is ook een gratis formaatconversieservice beschikbaar voor gebruikers met een bestaand referentiepanel dat compatibel moet zijn met de analysesoftware.

Deze agrarische Low-pass WGS-oplossing wordt ondersteund door MGI's krachtige instrumenten en heeft een dagelijkse doorvoer van 96 tot 1.536 monsters en een jaarlijkse doorvoer van 24.000 tot 384.000 monsters (gebaseerd op de 1,0X diepte van een varkensgenoom en een gemiddelde monstergegevensuitvoer van 3G). Het heeft ook zeer nauwkeurige SNP-resultaten verkregen van 0,5~1X Low-pass in varkensoorweefselmonsters, waarbij 98,4% consistentie werd aangetoond met de SNP-array en 98,1% met 50X WGS. Samen met MGI's zelfontwikkelde MegaBOLT bioinformatica analyseversneller kan het dagelijks 192 varkensmonsters van 1.0X analyseren, en ongeveer 1.536 per dag met ZBOLT Pro.

Vergeleken met traditionele genotypering via microarrays biedt de nieuwe oplossing van het MGI genoombrede gegevens tegen dezelfde kosten, maar legt het een breder scala aan genetische variatie vast, verbetert het de ontdekking van nieuwe varianten en vergroot het de statistische kracht van genoombrede studies, en dat alles zonder hoge ontwerp- en opstartkosten die met microarrays geassocieerd worden. De dynamische eigenschappen van deze oplossing maken voortdurende updates en optimalisaties in genoomanalyses mogelijk. Het Low-pass WGS-product en de workflow zullen vanaf 30 juni besteld kunnen worden.