De hittegolf, die naar verwachting van het Japanse Meteorologisch Agentschap (JMA) de hele zomer zal aanhouden, kwam op een moment dat de regering huishoudens en bedrijven opriep om elektriciteit te besparen om een mogelijke stroomstoring tot september te voorkomen.
Een weerstation registreerde een temperatuur van 40,2C (104,36F) op zaterdagmiddag, in Isesaki, een stad 85 kilometer (53 mijl) ten noordwesten van Tokio, aldus het JMA.
Het cijfer verbrak het vorige record van de warmste junidag van Japan - 39,8 graden, waargenomen op 24 juni 2011.
"Een sterke anticycloon uit de Stille Oceaan, gekoppeld aan een onbewolkt weertype, bracht de hitte," zei een ambtenaar van het JMA.
Een ander weerstation in het centrum van Tokio registreerde 35,4C eerder op de dag, en markeerde daarmee de vroegste aankomst sinds het begin van de metingen in 1875 van een dag boven de 35C in de hoofdstad, die in Japan als extreme hitte wordt beschouwd.
Op zaterdag hebben de JMA en het Ministerie van Milieu in zes van de 47 prefecturen van het land een hitteberoerte-alarm afgegeven, waarbij de mensen werd aangeraden binnen te blijven en airconditioners te gebruiken.
In zijn laatste weersvoorspelling voor drie maanden, die deze week werd vrijgegeven, zei het JMA dat deze zomer in het noorden, oosten en westen van Japan heter zal zijn dan gewone jaren, als gevolg van factoren zoals de opwarming van de aarde en La Nina.
De voorspelling is een extra zorg voor het land, dat te maken heeft met een krappere energievoorziening door de trage herstart van kernenergie, sluitingen van thermische centrales en geopolitieke risico's die na de Russische invasie in Oekraïne nog zijn toegenomen.
