De operatie, die op 17 mei begon, volgde op een ultimatum van de regering waarin alle vluchtelingen werden opgeroepen om voor 15 april terug te keren naar het vluchtelingenkamp Dzaleka, of een gedwongen verhuizing tegemoet te zien.
De regering heeft de vluchtelingen ervan beschuldigd het overvolle kamp te hebben verlaten zonder de juiste procedures te volgen. De razzia begon in Lilongwe en is uitgebreid naar andere districten.
Botha kon niet zeggen wanneer de operatie, die door mensenrechtengroeperingen bekritiseerd is, zal eindigen.
"We kunnen geen tijdschema geven omdat dit een zaak is van nationale veiligheid," zei Botha in een interview.
"We gaan door totdat we tevreden zijn dat alle buitenlanders met een vluchtelingenstatus teruggestuurd zijn naar Dzaleka," zei hij verwijzend naar het vluchtelingenkamp in het district Dowa, ongeveer 60 km van Lilongwe.
De oefening heeft kritiek uitgelokt van de Verenigde Naties en lokale mensenrechtengroeperingen.
"We herhalen met klem onze oproep aan de autoriteiten om hun beslissing tot overplaatsing in te trekken, aangezien de bestaande structuren in het vluchtelingenkamp Dzaleka al tot het uiterste zijn uitgerekt en niet in staat zijn om meer vluchtelingen op een waardige manier te huisvesten," zei Valentin Tapsoba, directeur van het Regionale Bureau voor Zuidelijk Afrika van de UNHCR, in een verklaring die woensdag werd uitgegeven.
In het kamp, dat bedoeld is om maximaal 12.000 vluchtelingen te huisvesten, verbleven vanaf maandag meer dan 50.600 vluchtelingen, voornamelijk uit de Democratische Republiek Congo, Burundi en Rwanda, aldus UNHCR.
Botha erkende dat het kamp overvol was, maar ontkende dat Malawi de rechten van de vluchtelingen misbruikte.
"We voeren deze oefening op een waardige manier uit," zei hij, en voegde eraan toe dat de oefening bestond uit het verifiëren van de vluchtelingen- en verblijfsvergunningstatus.
"Vluchteling zijn is een status en niet permanent. Voor de meesten die we oppakken is er geen conflict meer in hun land," zei hij.
