De spoorlijn zal voortbouwen op bestaande economische en sociale banden om de handel en culturele samenwerking tussen de twee landen te stimuleren.
De financiering zal komen van een consortium onder leiding van de China Civil Engineering Construction Company (CCECC), die 85% van het totaal zal bijdragen, zei het transportministerie in een verklaring.
De resterende 15% zal worden gedekt door de Nigeriaanse overheid, samen met instellingen zoals de Export-Import Bank van Afrika en de Afrikaanse Ontwikkelingsbank.
"Het veiligstellen van $1,3 miljard betekent een monumentale stap voorwaarts in de voltooiing van deze kritieke infrastructuur," zei woordvoerder Jamilu Ja'afaru van het transportministerie.
In juli tekende Portugals grootste bouwer Mota-Engil een contract van 840 miljoen euro ($919 miljoen) voor de levering en financiering van rollend spoorwegmaterieel voor het project.
De regering van Nigeria heeft geprobeerd om het verarmde noorden van het land, dat de afgelopen tien jaar is geteisterd door islamitische opstandelingen, weer op te bouwen.
Het project maakt deel uit van een regeringsplan om spoornetwerken in heel Nigeria aan te leggen om iets te doen aan de slechte transportinfrastructuur die de economische groei al tientallen jaren belemmert.
($1 = 0,9143 euro) (Verslaggeving door Camillus Eboh; Bewerking door Elisha Bala-Gbogbo en Mark Potter)
