De obligatie, gelanceerd in 2014 en vrijdag terugbetaald, verviel deze maand.
"De betaling werd gedaan aan de agentbank voor verdere distributie aan de obligatiehouders," zei de centrale bank in een verklaring.
Islamabad worstelt met een betalingsbalanscrisis, een recordinflatie en een sterke devaluatie van de munteenheid sinds een stand-byovereenkomst met het IMF een staatsschuld heeft voorkomen.
Minister van Financiën Muhammad Aurangzeb vertrekt zondag naar Washington om de voorjaarsbijeenkomst van het IMF en de Wereldbank bij te wonen, waar hij zal beginnen met de onderhandelingen over Pakistan's 24e IMF-bailout voor de lange termijn.
Aurangzeb informeerde premier Shehbaz Sharif vrijdag over het nieuwe IMF-programma, zei de regering in een verklaring.
De stand-by-overeenkomst van $3 miljard die Islamabad afgelopen zomer met het IMF had afgesloten, liep donderdag af. De laatste tranche van $1,1 miljard zal naar verwachting worden vrijgegeven nadat het bestuur van de multilaterale kredietverstrekker later deze maand bijeenkomt.
De twee partijen hebben de afgelopen weken gesproken over onderhandelingen over een reddingsoperatie op langere termijn om door te gaan met de noodzakelijke beleidshervormingen om de tekorten te beteugelen, reserves op te bouwen en de torenhoge schuldendienst te beheren.
Pakistan voert gesprekken met het IMF over een mogelijk vervolgprogramma, zei IMF-chef Kristalina Georgieva op donderdag.
