De soldaten werden tijdens de regering van voormalig president Mohamed Abdullahi Farmaajo naar Eritrea gestuurd. Na in mei aan de macht te zijn gekomen, zei de regering van president Hassan Sheikh Mohamud dat 5.000 vermiste soldaten in Eritrea waren "gevonden" en spoedig naar huis zouden worden gebracht.
Verscheidene van hun familieleden vertelden Reuters vorig jaar dat de mannen door de federale regering van Somalië waren gerekruteerd voor banen in Qatar, maar dat zij vervolgens in Eritrea opdoken waar zij gedwongen werden in het leger te dienen.
Eritrea wordt door critici vaak omschreven als "het Noord-Korea van Afrika" vanwege het gebruik van dwangarbeid, onderdrukking en bewaking van zijn burgers.
De schijnbaar geheime rekrutering van jonge Somalische mannen wekte de woede van het publiek en leidde tot protesten in de hoofdstad Mogadishu en elders.
De Somalische en Eritrese regeringen ontkenden dat de mannen tegen hun wil werden vastgehouden.
De Somalische minister van Defensie Abdulqadir Mohamed Nur vertelde Reuters dat een eerste groep troepen - hij zei niet hoeveel - uit Eritrea woensdag in Somalië was aangekomen.
"Zij zullen deelnemen aan de oorlog tegen Al Shabaab," zei hij, verwijzend naar een aan Al Qaeda gelieerde militante groep die haar strikte interpretatie van de islamitische wet in heel Somalië wil opleggen.
Er is weinig bekend over wat de Somalische troepen in Eritrea hebben gedaan. In een VN-verslag van vorig jaar werd gemeld dat sommigen van hen waren gestuurd om te vechten in een oorlog in de aangrenzende Ethiopische regio Tigray.
De Somalische autoriteiten ontkenden dat de soldaten in Ethiopië hebben gevochten.
Abdisalam Guled, voormalig adjunct-directeur van de Somalische Nationale Inlichtingen- en Veiligheidsdienst, die als eerste de aanwezigheid van de soldaten in Eritrea onthulde, zei tegen Reuters dat hun terugkeer geweldig nieuws was, maar riep op tot meer transparantie.
"Wij dringen er bij de regering op aan om het aantal en de gezondheid van de terugkerende soldaten te achterhalen als zij niet weet hoeveel er eerst door de vorige regering naar Eritrea zijn gebracht," zei hij.
