NanoString Technologies, Inc. kondigde een publieke release aan van nieuwe gegevens gegenereerd door de CosMxo Spatial Molecular Imager (SMI). Deze gegevens zijn afkomstig van formeel gefixeerde paraffine-embedded (FFPE) menselijke levermonsters en tonen de beste datakwaliteit van de CosMx SMI. De dataset benadrukt de hoge gevoeligheid van CosMx SMI, met de mogelijkheid om gemiddeld 1.150 transcripten per cel te detecteren en te kwantificeren en om biologische inzichten te maximaliseren door 676 unieke genen te detecteren.

De dataset vertegenwoordigt ook de hoge specificiteit van CosMx SMI, met meer dan 99% geïdentificeerde tellingen op gerichte genen. CosMx SMI maakt beeldvorming met hoge resolutie mogelijk van meer dan 1.000 RNA- en meer dan 64 eiwitanalyten binnen morfologisch intacte volledige weefselsecties. Met het CosMx-instrument kunnen onderzoekers gen- en eiwitexpressie visualiseren en kwantificeren op cel- en subcellulaire resoluties in zowel vers ingevroren als FFPE-weefselmonsters.

Met behulp van een multimodale benadering, inclusief eiwitbeeldvorming, levert CosMx SMI de beste celsegmentatie in zijn klasse. Deze high-plex in situ analyse stelt onderzoekers ook in staat om celtypering, celtoestand, functionele, en cel-cel interactie analyses uit te voeren in een enkel experiment het genereren van hoge-resolutie cel atlassen. NanoString gebruikte de CosMx SMI om lever FFPE weefsel van normale en hepatocellulaire carcinoom patiënten te karakteriseren.

De CosMx menselijke lever gegevens bieden een subcellulaire expressie kaart van 1.000 genen en een enkele cel weefsel atlas die elke cel in het weefsel categoriseert als een van de 18 unieke celtypes. De volledige dataset bestaat uit meer dan 800.000 afzonderlijke cellen en ~700 miljoen transcripten, en een atlas van één cel over een gebied van ~180 mm2 leverweefsel. De high-plex analyse gaf diepgaand inzicht in de cel- en weefselveranderingen die optreden bij kanker, waaronder infiltratie van diverse immuuncellen.