De 61-jarige voorzitter heeft de centrale bank sinds januari 2012 geleid in een tumultueuze periode die werd gekenmerkt door een reeks crises en een bijna constante strijd tegen de appreciërende Zwitserse frank.
"Na de verschillende uitdagingen van de afgelopen jaren is het nu het juiste moment voor mij om terug te treden," zei Jordan in een verklaring.
Jordan kwam in 1997 bij de SNB en werd in mei 2007 lid van de raad van bestuur die de rentetarieven bepaalt.
Hij werd voorzitter nadat zijn voorganger Philipp Hildebrand moest aftreden nadat zijn vrouw betrokken was geweest bij euro- en dollartransacties.
"Hij heeft uitstekend werk verricht en zal heel moeilijk te vervangen zijn," zei Karsten Junius, een econoom bij J.Safra Sarasin. "Maar misschien is het einde van zijn tijdperk ook een kans om de besluitvorming bij de SNB te verbreden."
In 2020 werd Jordan door de Zwitserse regering herbenoemd om tot 2027 aan te blijven als voorzitter van de SNB.
De in Harvard opgeleide hoogleraar economie wordt door velen gezien als de belichaming van een ijverige technocraat, maar hij is ook niet bang geweest om grote en soms impopulaire beslissingen te nemen.
In 2015 gooide de SNB de valutamarkten overhoop door plotseling de minimumwisselkoers ten opzichte van de euro te schrappen, een zet die de veilige havenvaluta omhoog deed schieten.
De afgelopen jaren heeft Jordan toegezien op een succesvolle poging om de inflatie te bestrijden, waarbij de prijsstijgingen in Zwitserland aanzienlijk lager waren dan in andere delen van de wereld.
Vorig jaar was hij betrokken bij de verstrekking van noodliquiditeit door de SNB om de overname van Credit Suisse door UBS te vergemakkelijken.
De SNB zei in een verklaring de verrassende beslissing van Jordan te betreuren.
"De Bankraad en de Raad van Bestuur betreuren het besluit van Thomas Jordan ten zeerste en spreken hun oprechte dank uit voor zijn jarenlange uitstekende inzet," aldus de SNB.
Toch is Jordan onder vuur komen te liggen omdat hij te laat reageerde op de crisis bij Credit Suisse en ook omdat hij een te dominante stem had in de besluitvorming van de SNB.
