Tijdens zijn preek op Paaszondag in de kathedraal van Canterbury zei Justin Welby dat de vorige week door de Britse premier Boris Johnson aangekondigde strategie "ernstige ethische vragen" oproept.
Iedereen die sinds 1 januari illegaal in Groot-Brittannië is aangekomen, zou volgens de deal naar Rwanda kunnen worden overgebracht.
De regering van Johnson zei dat het zou helpen om mensensmokkelnetwerken te doorbreken en de stroom migranten over het Kanaal in te dammen, maar het trok onmiddellijk zware kritiek aan van politici en liefdadigheidsinstellingen.
"De details zijn voor de politiek en de politici. Het principe moet het oordeel van God doorstaan en dat kan het niet," zei Welby.
"Het kan niet het gewicht dragen van onze nationale verantwoordelijkheid als een land dat gevormd is door christelijke waarden, want onze verantwoordelijkheden uitbesteden, zelfs aan een land dat het goed wil doen zoals Rwanda, is het tegenovergestelde van de aard van God die zelf de verantwoordelijkheid op zich nam voor onze mislukkingen," zei hij.
Welby is de geestelijk leider van de wereldwijde Anglicaanse gemeenschap van ongeveer 85 miljoen christenen.
Vorig jaar hebben meer dan 28.000 migranten en vluchtelingen de oversteek van het Europese vasteland naar Groot-Brittannië gemaakt.
De aankomst van migranten op gammele bootjes is een bron van spanning geweest tussen Frankrijk en Groot-Brittannië, vooral nadat 27 migranten verdronken toen hun rubberboot in november leegliep.
