De stap komt te midden van een toenemende onverdraagzaamheid tegenover religieuze minderheden in het land.
De Missionaries of Charity van Moeder Teresa, die in 1950 werden opgericht, steunen duizenden nonnen over de hele wereld die hospices, scholen, leprakolonies en tehuizen voor verlaten kinderen leiden.
Zaterdag heeft de regering van premier Narendra Modi geweigerd de vergunning van de liefdadigheidsinstelling te verlengen op grond van de Foreign Contribution Regulation Act.
Het ministerie van Binnenlandse Zaken zei in een verklaring dat het bij de behandeling van de aanvraag enkele "ongunstige inputs" had opgemerkt.
De liefdadigheidsinstelling is er ook van beschuldigd, door hardline Hindoe groepen, dat zij religieuze bekeringsprogramma's leidt.
Het MvC heeft die beschuldiging verworpen, en buurtbewoners van Kolkata zeiden dinsdag, dat zij daarvan geen bewijzen hadden gezien.
"Ik zou al onze regeringsfunctionarissen van de centrale (federale) regering willen verzoeken om alstublieft elke morgen om 6 uur buiten het Mother House te komen en de rij dakloze armen te zien die zich over meer dan een mijl uitstrekt en die een gratis maaltijd krijgen. Niet één van die mensen is christen en niet één van die mensen wordt gevraagd om christen te worden."
Sinds Modi in 2014 aan de macht kwam, hebben rechtse hindoegroeperingen hun positie in alle deelstaten geconsolideerd.
Zij hebben aanvallen gelanceerd op minderheidsgroepen die beweren dat zij religieuze bekeringen proberen te voorkomen.
Nu hebben verschillende staten anti-bekeringswetten aangenomen, of overwegen dat te doen, die het recht op vrijheid van geloof in het land in twijfel trekken.
