De schermutselingen kwamen een dag nadat gemeld was dat negen mensen gedood waren tijdens de grootste anti-militaire betogingen sinds maanden.
Protestgroepen die een terugkeer naar het democratisch bewind eisen, hebben gezegd dat zij een open campagne van sit-ins en andere vreedzame acties zullen organiseren als reactie op de doden.
"De sit-in kan zich ontwikkelen, maar wij moeten hem goed verstevigen. Degenen die uit Omdurman zijn gekomen kunnen zich bij onze sit-in aansluiten en ook anderen uit de omliggende gebieden kunnen zich aansluiten, zodat het een grote sit-in kan worden."
Medici die op één lijn zitten met de demonstranten zeiden dat de slachtoffers meestal gedood waren door geweervuur van veiligheidstroepen in Khartoem en de aangrenzende steden Omdurman en Bahri.
De regerende raad van Soedan heeft niet onmiddellijk gereageerd op een verzoek om commentaar.
De demonstraties van donderdag (30 juni) kwamen er na meer dan acht maanden van demonstraties tegen militaire leiders die in oktober vorig jaar een staatsgreep pleegden, waardoor een einde kwam aan een regeling voor machtsdeling met burgers die was overeengekomen na de omverwerping van Omar al-Bashir in 2019.
De staatspolitie van Khartoem zei in een verklaring dat zij op donderdag traangas en waterkanonnen had gebruikt en arrestaties had verricht, nadat demonstranten met stenen en metalen staven tegen hun posities waren opgetrokken.
Tientallen leden van de veiligheidstroepen waren gewond geraakt, sommigen ernstig, aldus de verklaring.
De groep medici zei vrijdag dat een andere demonstrant, die een week eerder tijdens demonstraties in de hoofdstad was geslagen, aan zijn verwondingen was overleden.
Dat brengt het aantal doden onder demonstranten sinds de staatsgreep op 113.
De door het leger geleide regering heeft geen eigen schattingen van arrestaties of sterfgevallen bekendgemaakt.
