Invitae Corporation heeft een nieuw onderzoek aangekondigd dat is gepubliceerd in Nature en dat het eerste gebruik beschrijft van het PCM-platform (Personalized Cancer Monitoring) van het bedrijf om het nut aan te tonen van ctDNA als biomarker voor het terugkomen van kanker in een groot cohort van patiënten met stadium I-III niet-kleincellige longkanker (NSCLC) die tot vijf jaar lang werden gevolgd. De in het onderzoek gebruikte onderzoekstechnologie maakt gebruik van een patiëntspecifiek panel dat is ontwikkeld om varianten van de eigen tumor van een patiënt te identificeren in plaats van een statisch genenpanel. Dit onderzoek maakte gebruik van Invitae's PCM-platform om panels van maximaal 200 varianten te beoordelen, een omvang die uniek was voor dit platform op het moment dat het onderzoek werd uitgevoerd, en werd geoptimaliseerd voor maximale prestaties.

Sindsdien heeft Invitae haar laboratoriumtests gecommercialiseerd met panels tot 50 varianten. In deze publicatie werd een gevoeligheid en specificiteit van >99,9% bereikt bij 0,008% variant allel frequentie (AF) met 60ng cfDNA input en 0,03% variant AF met 10ng cfDNA input met behulp van een 50 varianten patiënt-specifiek panel. Bij de patiënten die aan het onderzoek deelnamen, werden vóór de operatie plasmaanalyses uitgevoerd en bij 141/197 patiënten (waaronder 75 met een NSCLC-recidief) werden herhaalde postoperatieve plasmaanalyses uitgevoerd met een mediaan van zes tijdspunten.

Met behulp van nieuwe fylogenetische opsporingstechnologieën, waaronder patiëntspecifieke geankerde multiplex PCR (AMP), werden deze tumorspecifieke klonale en subklonale mutaties geïdentificeerd in combinatie met een nieuw instrument (ECLIPSE) om de klonale samenstelling uit te breiden in de context van de lage ctDNA-niveaus bij patiënten met recidiverend NSCLC. De veelzijdigheid van de AMP-technologie maakte het mogelijk om plasmamonsters van patiënten te bestuderen in een reeks individuele panelgroottes (72 tot 201, mediaan 200). Er werden MRD-analyses uitgevoerd op 108 patiënten (analyses van plasmamonsters die binnen 120 dagen na de operatie waren verzameld).

Van de 51 patiënten bij wie longkanker terugviel, toonden de resultaten aan dat bij bijna de helft van de patiënten ctDNA werd gedetecteerd.