Invitae heeft nieuwe onderzoeken aangekondigd die gepresenteerd zullen worden op de American Society of Breast Surgeons Annual Meeting (ASBrS) die van 10-14 april 2024 in Orlando wordt gehouden. De uitgelichte onderzoeken zullen laten zien hoe machine learning varianten van onzekere significantie (VUS) kan verminderen bij patiënten die genetische tests voor borstkanker hebben ondergaan, naast resultaten van gegevens uit de praktijk die laten zien dat onzekere resultaten niet leiden tot een overmatig gebruik van borstamputaties bij borstkankerpatiënten. Nieuwe bevindingen tonen aan dat modellen voor machinaal leren de last voor clinici en patiënten kunnen helpen verminderen bij het oplossen van onzekere resultaten van genetische tests voor erfelijke borstkanker, met name voor ondervertegenwoordigde populaties.

Vanwege het beperkte bewijs kan het classificeren van onzekere varianten een uitdaging zijn. Personen uit bepaalde raciale, etnische en voorouderlijke (REA) populaties zijn vaak ondervertegenwoordigd in grote genomische databases en medische literatuur, wat leidt tot minder definitieve resultaten, wat resulteert in VUS die de kern vormen van ongelijkheden in de gezondheidszorg. Om meer definitieve resultaten van genetische tests voor deze groepen te genereren, werd er in het onderzoek naar gestreefd om gen-specifieke machine-learning modellen te ontwikkelen en hun bruikbaarheid in genetische tests voor patiënten met borstkanker te evalueren.

Na het valideren van gen-specifieke machine-learning algoritmen, werd de impact op de classificatie van varianten geanalyseerd bij patiënten met borstkanker die van januari 2022 tot mei 2023 erfelijke genetische tests op kanker ondergingen. Uit het onderzoek bleek dat bij borstkankerpatiënten bij wie ten minste één variant met machine learning-bewijs werd toegepast, meer dan 15% resulteerde in een definitieve (niet-VUS) variantclassificatie. Bij het stratificeren van de analyse naar REA-populaties had echter een hoger percentage zwarte (22%), Aziatische (28%) en Latijns-Amerikaanse (19%) personen met borstkanker een definitieve classificatie die werd bepaald door machine learning-bewijs in vergelijking met blanke (12%) personen, wat suggereert dat machine learning-bewijs vooral nuttig is voor patiënten uit historisch ondervertegenwoordigde bevolkingsgroepen met borstkanker die een erfelijk kankeronderzoek ondergaan.

Door deze VUS te herclassificeren naar definitieve resultaten, kunnen laboratoria clinici helpen om de zorg voor hun patiënten beter te beheren en de verschillen in gezondheidszorg tussen raciale, etnische en sociaaleconomische groepen te verkleinen. De resultaten bieden de geruststelling dat varianten van onzekere betekenis in de resultaten van genetische tests bij borstkankerpatiënten niet leiden tot overmatig gebruik van borstoperaties, zoals mastectomieën. Genetische tests voor erfelijke ziekten, waarbij naar genen wordt gekeken die rechtstreeks informatie kunnen verschaffen over chirurgische, medische en toezichtstrategieën voor risicobeperking en behandeling van borstkanker, zijn de standaard geworden voor het beoordelen van erfelijke aanleg voor kanker.

Hoewel deze tests tot hoge percentages onzekere resultaten kunnen leiden, is het onduidelijk of deze resultaten van invloed zijn op het klinische management. Er zijn tegenstrijdige resultaten gerapporteerd over de vraag of patiënten met VUS meer kans hebben om een borstoperatie te ondergaan dan patiënten met negatieve resultaten. Dit onderzoek, getiteld "Real-World Breast Surgery Utilization among Breast Cancer Patients with Germline Variants of Uncertain Significance", onderzoekt het gebruik van borstchirurgie in een grote, recente steekproef van borstkankerpatiënten die genetische tests ondergaan.

Het onderzoek toonde aan, op basis van een steekproef van meer dan 9000 borstkankerpatiënten, dat degenen met VUS-resultaten niet vaker chirurgische ingrepen ondergingen dan patiënten met negatieve resultaten. Deze resultaten bieden de geruststelling dat VUS-resultaten niet leiden tot overmatig gebruik van borstamputaties bij borstkankerpatiënten.