De Europese Unie uitte kritiek op de hervatting, die komt te midden van een sterke opwarming van de betrekkingen tussen Rusland en Georgië, landen die geen formele diplomatieke banden meer hebben sinds Rusland de troepen van Tbilisi verjoeg in een korte oorlog in 2008.
Tbilisi heeft de afgelopen maanden geprobeerd een evenwicht te vinden tussen toenadering tot zijn reusachtige buurland en zijn aspiraties om lid te worden van de Europese Unie.
Georgië werd in maart opgeschrikt door protesten nadat wetgevers een Russisch wetsvoorstel hadden aangenomen dat niet-gouvernementele organisaties die meer dan 20% van hun financiering uit het buitenland halen, verplicht om zich te registreren als "agenten van buitenlandse invloed".
Brussel zei dat het plan onverenigbaar was met het EU-lidmaatschap en het wetsvoorstel werd later ingetrokken.
De EU zei dinsdag dat ze het betreurde dat Georgië vluchten naar Rusland hervat op een moment dat het blok zijn luchtruim heeft gesloten voor Russische vliegtuigen als reactie op de invasie van Moskou in Oekraïne.
"Deze laatste beslissing van de Georgische autoriteiten geeft aanleiding tot bezorgdheid over het EU-traject van Georgië," zei Peter Stano, woordvoerder buitenlandse zaken van de EU, tijdens een briefing.
Het Burgerluchtvaartagentschap zei dat er zeven vluchten per week naar Moskou zouden zijn. Georgian Airlines reageerde niet onmiddellijk op een verzoek om commentaar.
