Het kunstwerk, dat een vrouw met een gasmasker en een kamerjas voorstelt die een brandblusser vasthoudt, werd volgens ambtenaren op 2 december van een muur in Hostomel gehaald.
Het ministerie maakte op zijn website bekend dat de man die volgens het ministerie de operatie heeft georkestreerd een "kennisgeving van verdenking" heeft gekregen.
Het kunstwerk van de bekende Britse kunstenaar was getaxeerd op meer dan 9 miljoen hryvnia (243.900 dollar), aldus de verklaring van het ministerie.
"De criminelen probeerden deze graffiti te vervoeren met behulp van houten planken en polyethyleen", aldus de verklaring.
"Dankzij de bezorgdheid van burgers zijn de politie en andere veiligheidsdiensten erin geslaagd de criminelen te arresteren."
De muurschildering werd teruggevonden.
Banksy bevestigde dat hij de muurschildering en zes andere had aangebracht op plaatsen waar zwaar werd gevochten nadat Rusland eind februari Oekraïne was binnengevallen.
