Kim Pozniak, directeur communicatie van CRS, zei maandag dat het incident plaatsvond in de stad Kobo, waar bewoners zondag zwaar artillerievuur meldden, maar zei niet of de schietpartij verband hield met de onrust.
"Details van de moord zijn nog onbekend," zei CRS in een verklaring.
De slachtoffers waren Chuol Tongyik, een van de beveiligingsmanagers van CRS, en Amare Kindeya, een chauffeur. Ze waren op weg van Amhara naar de hoofdstad Addis Abeba, aldus de verklaring.
"De diepte van onze schok en verdriet is moeilijk te meten en we zijn bedroefd over dit zinloze geweld," zei Zemede Zewdie, de landenvertegenwoordiger van CRS in Ethiopië in de verklaring.
Woordvoerders van de federale regering van Ethiopië en van de regionale regering van Amhara reageerden niet direct op verzoeken om commentaar.
Duizenden mensen hebben in heel Amhara geprotesteerd sinds de federale regering het bevel op donderdag uitvaardigde en inwoners meldden op zondag geweervuur in ten minste twee steden.
Inwoners van de stad Dessie maakten maandag melding van grote protesten, waarbij jongeren de wegen blokkeerden en banden in brand staken.
Amhara politici en activisten hebben het regeringsbevel veroordeeld dat vereist dat speciale troepen uit elk van de 11 regio's van Ethiopië - die een zekere mate van autonomie genieten - moeten integreren in de politie of het federale leger.
Ze zeggen dat het ontbinden van de speciale troepen van Amhara de regio kwetsbaar zou maken voor aanvallen van naburige regio's, waaronder Tigray, waarvan de leiders in november een wapenstilstand overeenkwamen met de federale regering om een einde te maken aan een twee jaar durende oorlog waarbij tienduizenden doden vielen.
Amhara-troepen vochten in dat conflict zij aan zij met het federale leger.
Premier Abiy Ahmed zegt dat de integratie van de regionale speciale strijdkrachten nodig is om de nationale eenheid te waarborgen in een land met een lange geschiedenis van interetnische conflicten.
De regionale regering van Amhara zei maandag dat ze de protesten in Gondar, waar enkele van de grootste demonstraties plaatsvonden, had verboden, dat ze beperkingen had opgelegd aan het verkeer van voertuigen op drie wielen en dat ze bars had bevolen om voor 21.00 uur te sluiten.
