De overstromingen hebben een ravage aangericht en huizen, wegen, bruggen en andere infrastructuur verwoest in heel Kenia, de grootste economie van Oost-Afrika. Het dodental overtreft dat van de overstromingen die eind vorig jaar werden veroorzaakt door het weerfenomeen El Nino.
"Helaas hebben we het laatste van deze gevaarlijke periode nog niet gezien, want de situatie zal naar verwachting escaleren. Meteorologische rapporten schetsen een triest beeld," zei Ruto op de Keniaanse televisie. "Kenia kan zijn eerste cycloon ooit verwachten."
Cycloon Hidaya zal naar verwachting zaterdag aan land komen in Tanzania, Kenia's zuidelijke buur, en golven van bijna acht meter hoog en winden van 165 km/u met zich meebrengen, aldus het IGAD Climate Prediction and Applications Centre.
"Er wordt voorspeld dat deze cycloon, Hidaya genaamd, die nu elk moment kan toeslaan, slagregens, sterke winden en krachtige en gevaarlijke golven zal veroorzaken," zei Ruto.
Eerder deze week beval Ruto de bewoners van gebieden waar gevaar voor aardverschuivingen bestaat, om naar veiliger gebieden te vertrekken.
De regering heeft mensen die in de buurt van 178 dammen en waterreservoirs wonen, die nu bijna overlopen, en mensen in informele nederzettingen in de buurt van rivieren en beken gevraagd om te evacueren.
Ruto zei dat de heropening van alle scholen voor het komende schooljaar, die deze week had moeten beginnen, tot nader order wordt uitgesteld.
De regering van Nairobi heeft 115 kampen opgezet voor mensen die door de overstroming ontheemd zijn geraakt, en werkt nauw samen met donoren en humanitaire organisaties om de getroffenen van voedsel en andere benodigdheden te voorzien, zei hij.
Oppositieleiders en rechtengroeperingen hebben de regering van Ruto bekritiseerd voor haar reactie op de ramp.
Op donderdag beschuldigde Human Rights Watch de autoriteiten ervan dat ze niet op tijd een nationaal responsplan hadden opgesteld, ondanks waarschuwingen van het Keniaanse meteorologische departement een jaar geleden over de waarschijnlijke gevolgen van overstromingen veroorzaakt door El Nino.
