De drie zusjes zijn 9, 6 en 1 jaar oud, zei het instituut woensdag in een verklaring.
Leden van de Nationale Garde van Mexico waarschuwden eerst voor de kinderen, aldus het instituut.
Het oudste kind hield haar kleine zusje in haar armen toen het door de agenten werd gevonden, aldus de autoriteiten.
Functionarissen van het Salvadoraanse consulaat in Mexico waren op de hoogte van het incident en zijn in gesprek met de lokale autoriteiten, aldus het ministerie van Buitenlandse Zaken van El Salvador.
De Rio Grande die de Verenigde Staten en Mexico scheidt, is een van de laatste hindernissen die migranten moeten nemen om de Verenigde Staten te bereiken, vaak na een zware reis.
De drie kinderen werden ondergebracht bij het Mexicaanse systeem voor de integrale ontwikkeling van het gezin (DIF), aldus het immigratie-instituut.
