De autoriteiten zeiden dat hij het op de winkel gemunt had omdat het een knooppunt was in de overwegend zwarte, hechte buurt.
De aanklacht kwam minder dan een uur voordat leden van de gemeenschap van plan waren zich te verzamelen bij de Tops Friendly Markets winkel - de plaats van de schietpartij - voor een moment van stilte en gebed om de twee-maanden-verjaardag van de aanslag van 14 mei te herdenken.
De winkel, die sindsdien volledig gerenoveerd is, zal vrijdag weer open gaan.
Tien dagen na het bloedbad was er een massale schietpartij op een school in Uvalde, Texas, waarbij 19 kinderen en twee leraren omkwamen. Zeven weken na het bloedbad in Buffalo werden zeven mensen doodgeschoten tijdens een Fourth of July parade in Highland Park, Illinois.
De aanslagen hebben een al lang lopend nationaal debat over de Amerikaanse wapenwetten weer doen oplaaien.
Burgemeester Byron Brown van Buffalo zei dat de heropening van de Tops winkel een stap voorwaarts was in de inspanningen van de gemeenschap om te genezen.
"Het is belangrijk om als een verenigde en sterke gemeenschap vooruit te gaan. Wij zullen haat niet laten winnen," zei hij.
In de federale aanklacht die donderdag werd ingediend, wordt Payton Gendron, 19 jaar, beschuldigd van 14 overtredingen van haatmisdrijven en 13 vuurwapenovertredingen.
Hij wordt ook geconfronteerd met 10 aanklachten van moord van de eerste graad en 10 aanklachten van moord van de tweede graad in de staatsrechtbank.
