Singular Genomics Systems, Inc. heeft de G4X Spatial Sequencer onthuld. De G4X is ontworpen om high-throughput in situ directe sequencing van RNA (Direct-Seq?), gerichte transcriptomics en proteomics-profilering uit formeel gefixeerde, paraffine-ingebedde (FFPE) weefsels aan te bieden. De G4X zal hetzelfde platform delen als de bestaande G4® sequencer en zal naar verwachting het eerste dual-purpose instrument in de industrie zijn dat zowel traditionele NGS als op weefsel gebaseerde spatial sequencing mogelijkheden biedt.

Met de toevoeging van high-throughput multiomics en nieuwe Direct-Seq technologie aan het portfolio met de G4X, is Singular gepositioneerd om het enige bedrijf ter wereld te worden dat in situ spatial sequencing van weefsels en NGS op hetzelfde instrument aanbiedt. De G4X Spatial Sequencer is ontworpen om nieuwe mogelijkheden, stapelbare gegevensstromen en een ongekende verwerkingscapaciteit te bieden voor ruimtelijke profilering van weefsel. De nieuwe mogelijkheden omvatten Direct-Seq, wat de sequentiebepaling van RNA-moleculen in situ is en het potentieel heeft om nieuwe gebieden van wetenschappelijke ontdekking te openen.

Daarnaast biedt de G4X uitlezingen van gerichte transcripten, gerichte eiwitten en een fluorescerende H&E-kleuring, allemaal in hetzelfde weefselmonster. En tot slot zal deze combinatie van uitleesmodaliteiten op een ongekende schaal worden aangeboden. Met 40 cm2 aan flexibel beeldvormingsgebied en looptijden van één dag kunnen laboratoria met het G4X-systeem 20 keer meer monsters per week verwerken dan met bestaande technologieën.

De eerste kits op de G4X ondersteunen transcriptie, proteomica en bieden een fluorescerende H&E-kleuring. Het systeem is ontworpen om een groot aantal monsters aan te kunnen en zal honderden gendoelen en tientallen eiwitten uitlezen in hetzelfde weefselsegment. De inhoud zal beschikbaar zijn in vaste panels of aanpasbaar voor de klant.

Toekomstige kits op de G4X zullen ook Direct-Seq ondersteunen, dat ontworpen is om direct variabele regio's van RNA uit te lezen, zoals hotspotmutaties bij kanker, geleide-RNA's in CRISPR-schermen of B- en T-celreceptorsequenties. De mogelijkheid om directe sequentiebepaling van RNA binnen cellen en weefsels uit te voeren, zal naar verwachting een krachtige nieuwe uitleesmodaliteit voor in situ moleculaire pathologie opleveren. Direct-Seq zal in eerste instantie beschikbaar zijn als een service, met plannen voor een bredere release kort daarna.

Singular heeft eerder een programma voor toegang tot technologie voor de PX aangekondigd, waarvan de lessen zijn toegepast op de ontwikkeling van de G4X. Via het programma voor toegang tot technologie werkt Singular actief samen met toonaangevende instellingen om gegevens over de G4X te genereren en de toepasbaarheid ervan in cruciale onderzoeksgebieden aan te tonen. Verwachte hoofdkenmerken van de G4X?

Ruimtelijke sequencer: Toonaangevende verwerkingscapaciteit: Er wordt verwacht dat een beeldvormingsgebied van 40 cm2 per run over vier ruimtelijke flowcellen de doorvoer van monsters drastisch zal verhogen, terwijl de flexibiliteit voor kleinere runs behouden blijft. Direct-Seq: In situ sequencing van RNA, ontworpen om variabele genregio's direct in cellen en weefsels te sequencen, met potentiële toepassingen in immunologie, immuno-oncologie, kankeronderzoek en genbewerking. Transcripten: Honderden gen-transcripten, die beschikbaar zullen zijn in samengestelde panels en aangepaste gen-targetselectie.

Eiwitten: Tientallen eiwitten, die beschikbaar zullen zijn in samengestelde panels en aangepaste eiwitselectie. Fluorescerende H&E: Fluorescerende H&E-kleuring overlayed met transcripten en eiwitten op hetzelfde weefselmonster. Snelle doorlooptijd: Dankzij een gespecialiseerd weefseloverdrachtsproces, een gestroomlijnde workflow voor monstervoorbereiding en snelle sequencing op één dag, kunnen gebruikers in slechts drie dagen van monster naar ontdekking gaan.

Kosteneffectief: Met zijn ongekende verwerkingscapaciteit zal de G4X de kosten per monster aanzienlijk verlagen tot minder dan de helft van die van alternatieve benaderingen, waardoor spatial multiomics toegankelijker wordt. Het systeem kost $495.000, G4X-upgrades zullen naar verwachting eind 2024 beschikbaar zijn voor G4-klanten, samen met een eerste immuno-oncologisch panel van ongeveer 300 gen-transcripten, 10-15 eiwitten, en de mogelijkheid om de inhoud aan te passen. Direct-Seq en aanvullende panels zullen naar verwachting op een later tijdstip worden uitgebracht.

Singular is ook van plan om G4X Spatial Sequencing Technology Access Services aan te bieden vanaf het tweede kwartaal van 2024. Het bedrijf is van plan om meer informatie en gegevens te delen tijdens de komende jaarlijkse algemene vergadering van de AGBT in Orlando, Florida (5-8 februari 2024).