Zijn besluit is dinsdag gepubliceerd in het officiële staatsblad.
De meeste troepen die het Alvorada paleis bewaken, zoals de presidentiële residentie wordt genoemd, zijn van het leger, maar sommige zijn ook leden van de marine, luchtmacht en een gemilitariseerde politiemacht.
Vorige week zei Lula tegen verslaggevers dat leden van de veiligheidstroepen medeplichtig waren aan het feit dat een menigte aanhangers van de extreem-rechtse ex-president Jair Bolsonaro de belangrijkste gebouwen die de machtszetel in Brasilia vormen, bestormde.
Het kantoor van de president reageerde niet onmiddellijk op een verzoek om commentaar over wie de troepen zou vervangen die de residentie bewaken.
Het onderzoek naar de stormloop is begonnen met het aantonen van kennelijk opzettelijke fouten in de beveiliging waardoor deze kon plaatsvinden.
Enkele duizenden aanhangers van Bolsonaro bestormden het Congres, het presidentiële paleis Planalto en het Hooggerechtshof in een poging de uitslag van de door Lula nipt gewonnen verkiezingen van oktober ongedaan te maken.
"Er waren veel mensen die hier medeplichtig aan waren onder de militaire politie. Er waren veel mensen van de strijdkrachten die medeplichtig waren," zei Lula tegen journalisten. "Ik ben ervan overtuigd dat de deur van het paleis is geopend om deze mensen binnen te laten, want ik heb niet gezien dat de deur kapot was."
Lula heeft ook de kritiek op het leger opgevoerd omdat het niets heeft gedaan om een twee maanden oud kampement van Bolsonaro-aanhangers buiten het hoofdkwartier te ontmoedigen, waar zij erop aandrongen dat het leger de uitslag van de presidentsverkiezingen ongedaan zou maken.
