Het Maleisische ministerie van binnenlandse zaken nam de Swatch-horloges in beslag tijdens invallen op 13 en 14 mei, zei het bedrijf.
Het ministerie reageerde niet direct op een verzoek om commentaar.
De horloges behoren tot de "Pride-collectie" van de Zwitserse horlogemaker, die naar eigen zeggen is gemaakt om de pride-beweging en haar boodschap van gelijkheid en diversiteit te vieren.
Chief Executive Nick Hayek zei teleurgesteld en bezorgd te zijn.
"We betwisten ten zeerste dat onze collectie horloges met regenboogkleuren en een boodschap van vrede en liefde schadelijk zou kunnen zijn voor wie dan ook," zei hij in een verklaring aan Reuters.
De regenboogvlag is een symbool van de LGBT-beweging, die de rechten van lesbiennes, homo's, biseksuelen, transgenders en interseksuelen ondersteunt.
Het bedrijf zei dat het juridische stappen zou ondernemen om de goederen terug te krijgen, meldde de Zwitserse krant Tages-Anzeiger.
Mensenrechtengroeperingen en activisten hebben de afgelopen jaren hun bezorgdheid geuit over de toenemende intolerantie van Maleisië tegenover de lesbische, homoseksuele, LGBT-gemeenschap.
Vorig jaar ondervroegen de islamitische religieuze autoriteiten van het land 18 mensen die werden vastgehouden tijdens een Halloweenfeest dat werd bijgewoond door leden van de LGBT-gemeenschap.
Handelingen van hetzelfde geslacht zijn illegaal in Maleisië, hoewel veroordelingen zeldzaam zijn. Het land heeft een rechtssysteem met twee sporen, waarbij islamitische straf- en familiewetten die van toepassing zijn op moslims naast burgerlijke wetten bestaan.
