Pacific Biosciences of California, Inc. kondigde een uitgebreide onderzoekssamenwerking aan met Children's Mercy Kansas City, een van de beste pediatrische medische systemen van het land, om de multi-omics mogelijkheden van PacBio's Sequel IIe systeem te gebruiken bij de studie van genetische ziekten. Het onderzoek zal directe methyleringsdetectie en Iso-Seq™ full-length RNA-sequencing in hun studie toepassen. Een beter begrip van de genetische grondslagen van zeldzame ziekten kan uiteindelijk het diagnostisch rendement helpen verhogen en mogelijk de zorg voor patiënten verbeteren.

Children's Mercy is een leider in het gebruik van de genomische sequencing-technologie van PacBio, en nadert sinds 2020 de 1.000 gesequencete monsters. Children's Mercy gebruikt sinds 2020 de HiFi-technologie van PacBio voor menselijke whole-genome sequencing (WGS). Hun recente publicatie in Genetics in Medicine (Cohen 2022) beschrijft hoe HiFi sequencing vier keer meer zeldzame coderende structurele varianten ontdekt dan short-read sequencing, waaronder varianten die ziekte veroorzaken.

Deze nieuwe samenwerking wil op dat succes voortbouwen door nieuwe methoden te bestuderen voor de mogelijke opsporing van zeldzame ziekten. PacBio heeft onlangs zijn Sequel IIe-systeem verbeterd om DNA-methylering in menselijke genomen op te sporen zonder extra kosten, tijd of complexiteit bij de voorbereiding van de bibliotheek of de analyse. Short-read sequencing vereist speciale experimenten om epigenetische modificaties zoals methylering op te sporen, en dus wordt methylering vaak genegeerd.

Met de recente vorderingen van PacBio is epigenetica nu zonder kosten beschikbaar in standaardreeksen, ook voor moeilijke regio's van het genoom die alleen met long reads toegankelijk zijn. PacBio's Iso-Seq™ methode leest volledige lengte, end-to-end RNA transcripten, in tegenstelling tot short-read RNA sequencing methoden die kleine fragmenten meten. Full-length RNA sequencing onderscheidt verschillende versies van genen, isovormen genaamd, om biologie vast te leggen die door andere benaderingen wordt gemist.

Children's Mercy zal de Iso-Seq methode gebruiken om isovormen te karakteriseren die met ziekte in verband kunnen worden gebracht. PacBio en Children's Mercy hebben een langdurige relatie. Vorig jaar kocht Children's Mercy vier nieuwe Sequel IIe-systemen om aan de twee bestaande PacBio-systemen toe te voegen. Deze extra systemen hebben geholpen om de grootschalige WGS-capaciteit van Children's Mercy aanzienlijk te vergroten om moeilijk op te sporen en moeilijk te sequencen regio's van het genoom te onderzoeken die soms door conventionele technologieën worden gemist.

Met deze nieuwe samenwerking zal Children's Mercy die instrumenten inzetten om verder te zoeken met multi-omics-benaderingen voor methylering en RNA-sequencing.