Groepen demonstranten in de hoofdstad Lima braken door een linie van de politie toen ze naar het Congres marcheerden, maar werden uiteengedreven toen de anti-oproerpolitie traangasbussen op hen afvuurde.
De lokale televisie toonde enkele duizenden vreedzame demonstranten die aangesloten waren bij linkse groeperingen en vakbonden in de uitgestrekte stad, terwijl er geïsoleerde incidenten met de politie werden gemeld in een Andes-regio waar sociale conflicten vaak zijn opgelaaid.
"We willen gerechtigheid, vrede en rust, en dat Boluarte onmiddellijk vertrekt," eiste demonstrant Dionisio Flores uit Lima.
Veel Peruanen beschuldigen Boluarte en haar bondgenoten ervan dat ze haar linkse voorganger Pedro Castillo onrechtmatig hebben afgezet en gevangen gezet, wat leidde tot soms gewelddadige protesten in maart vorig jaar die 67 levens eisten.
De onrust wordt ook aangewakkerd door een al lang bestaande woede over de welig tierende armoede en diepe ongelijkheid, die zelfs is blijven bestaan terwijl het grote koperproducerende land rijker is geworden.
Peru, de op één na grootste leverancier van het metaal ter wereld, zou ook te maken kunnen krijgen met verstoringen langs de belangrijkste mijncorridor, waar veel gemeenschappen de protesten steunen en voorheen Castillo steunden.
Ongeveer 24.000 politieagenten werden in het hele land ingezet in de aanloop naar de laatste protestronde, volgens ambtenaren.
Boluarte vergaderde woensdag met haar ministers achter gesloten deuren, maar gaf geen publiekelijk commentaar.
Verkeersmedewerkers zeiden dat demonstranten woensdagmiddag minstens acht snelwegen hadden geblokkeerd, voornamelijk in de zuidelijke regio's Arequipa en Cusco.
Politie in oproeruitrusting bewaakte het verkeer op de Panamericana snelwegen in Lima, waar eerder blokkades waren.
Het belangrijkste openbaar vervoerbedrijf van Lima kondigde aan dat het de dienst op woensdag tijdelijk had opgeschort als preventieve maatregel, hoewel andere vervoersbedrijven in het gebied normaal bleven werken.
"We zullen het recht van mensen om te protesteren respecteren, maar als deze gewelddadig worden, zullen we rationeel geweld gebruiken om het gezag op te leggen," vertelde Roger Perez, hoofd van de politie in Lima, aan verslaggevers.
Jorge Pizarro, een woordvoerder van een van de organisatoren van het protest, beloofde dat de demonstranten "geen confrontatie met de politie zullen zoeken".
Maar in de Andesstad Huancavelica staken demonstranten de deur van een regeringsgebouw in brand. De politie bluste de brand snel en verdreef de menigte vervolgens met traangas, aldus de lokale televisie.
Naast het eisen van de afzetting van Boluarte, willen veel demonstranten ook vervroegde verkiezingen, een nieuwe grondwet en de ontbinding van het rechtse Congres.
Tegen Boluarte, wiens publieke goedkeuring ook is gedaald, loopt een onderzoek wegens "genocide" en andere gewelddaden tijdens eerdere marsen.
Hoewel haar regering de protesten als een bedreiging voor de democratie heeft bestempeld, zien veel demonstranten Boluarte, Castillo's voormalige vicepresident, als de grotere bedreiging.
"Deze regering is immoreel, incompetent," zei Martha Manami, die een van de marsen bijwoonde. "Ze heeft het leger gebruikt om ons te onderdrukken."
