Bionano Genomics, Inc. kondigt een peer-reviewed publicatie in Cancers aan van een team van kankeronderzoekers die voornamelijk werkzaam zijn in het NCI-Designated Cancer Center, Sanford Burnham Prebys Medical Discovery Institute en Scripps MD Anderson in La Jolla, Californië. De publicatie beschrijft wat wel eens het eerste onderzoek zou kunnen zijn waarbij optische genoomkartering (OGM) wordt gebruikt voor de ontdekking van structurele varianten (SV's) die resistentie tegen en gevoeligheid voor geneesmiddelen bij kanker bepalen. Opzet van het onderzoek: Patiëntmonsters. In het onderzoek werden 26 leukemiemonsters van 23 proefpersonen geanalyseerd, waaronder 3 monsters van proefpersonen na een terugval.

Genoomvariatie handtekeningen. Het onderzoek vergeleek genoom variatie signaturen verkregen uit de leukemie monsters door OGM en door klassieke cytogenetische methoden waaronder karyotypering (KT) en fluorescentie in situ hybridisatie (FISH). Drugbibliotheek: het onderzoek gebruikte een brede verzameling van 120 kankergeneesmiddelen gebaseerd op de Oncology Drug Library (ODL, ODL2 en ODL3) en de FDA-goedgekeurde oncologiecollectiegeneesmiddelen van het Developmental Therapeutics Program van het NCI, inclusief enkele experimentele middelen en middelen in fase II/III-onderzoeken.

Geneesmiddelenresistentie en -gevoeligheidstest. Het onderzoek maakte gebruik van een assay voor levensvatbaarheid van cellen en het screenen van geneesmiddelen, gebaseerd op het kweken van leukemie-verrijkte celcollecties in de aanwezigheid van verschillende concentraties geneesmiddelen om de levensvatbaarheid van de cellen te meten. Cellen die goed groeiden in de aanwezigheid van geneesmiddelen werden resistent bevonden en cellen die dat niet deden werden gevoelig bevonden.

In het algemeen toont het onderzoek aan dat OGM voor SV-detectie in combinatie met gegevens over de gevoeligheid van geneesmiddelen voor dezelfde monsters een nuttige aanpak is voor het identificeren van mogelijk pathogene SV's die de gevoeligheid of resistentie tegen geneesmiddelen kunnen bepalen. De belangrijkste bevindingen zijn als volgt: OGM detecteerde alle SV's die waren waargenomen met klassieke cytogenetische methoden, evenals meerdere aanvullende varianten die nog niet eerder waren gerapporteerd, BCR-ABL1 getransloceerde leukemiemonsters zijn gevoelig voor de tyrosinekinaseremmer Nilotinib, zoals verwacht, maar vertonen resistentie tegen proteasoomremmers, Leukemiemonsters met KMT2A-translocaties worden geassocieerd met gevoeligheid voor de microtubuleverstoorders paclitaxel en cabazitaxel en resistentie tegen remmers van de Bcl-2-familie. Chemosensitiviteitsassociaties met SV's gedetecteerd door OGM kunnen verschillende potentiële nieuwe behandelingsstrategieën voor leukemie onthullen.