BIONANO GENOMICS, INC. Bionano Genomics, Inc. kondigt de publicatie aan van een studie die de uitdagingen beschrijft die gepaard gaan met de detectie en interpretatie van causale varianten in Mendeliaanse ziekten, gebruikmakend van een cohort van 4.577 families. De auteurs van het onderzoek voerden een uitgebreide analyse uit van monsters uit het cohort waarbij zich uitdagingen voordeden die niet op sequencing gebaseerd waren, en analyseerden de monsters vervolgens opnieuw met behulp van exoomsequencing (ES), whole-genome sequencing (WGS), chromosomale microarray (CMA) en optical genome mapping (OGM). Ze kwamen tot de conclusie dat alleen al het aanpakken van deze uitdagingen de diagnostische opbrengst van causale varianten met ongeveer 71% zou kunnen verhogen en onderstreepten de noodzaak van een grondige aanpak van niet-gediagnosticeerde ziekten. De auteurs van het onderzoek analyseerden en herinterpreteerden 314 monsters met negatieve klinische exoom- of genoomsequencing met behulp van een combinatie van traditionele en nieuwe technieken en konden in 54,5% van de monsters de waarschijnlijke causale variant identificeren.
OGM werd gebruikt om monsters te analyseren die negatief bleven na ES en was met name relevant bij de detectie van grote varianten die onder de detectiegrens van CMA lagen. Het nut van OGM werd geïllustreerd in een geval van stamboomstructuur waarbij onderzoekers uitdagingen bekeken die geassocieerd werden met imprintingstoornissen die autosomaal recessieve fenotypes leken te zijn. OGM werd gebruikt om drie pediatrische gevallen van het split hand/foot malformation syndrome te analyseren nadat karyotypering, ES en RNA-sequencing er niet in waren geslaagd om een causale variant te identificeren.
OGM onthulde een tandemduplicatie die van invloed was op meerdere genen in alle drie de gevallen, wat wijst op vaderlijk gonadaal mozaïcisme. Naast deze bevinding rapporteerden de auteurs nog meer gevallen waarin OGM werd gebruikt om gevallen op te lossen waarbij sprake was van structurele varianten uit meerdere klassen die zeer complex waren.
