Bionano Genomics, Inc. kondigt de publicatie aan van drie studies die gezamenlijk de voortdurende ontwikkeling illustreren van gegevens die optical genome mapping (OGM) ondersteunen als alternatief voor traditionele cytogenetische methoden voor de analyse van hematologische maligniteiten. De studies bevestigen het hoge niveau van concordantie van OGM en het vermogen om relevante varianten te identificeren die met traditionele methoden niet worden gedetecteerd, maar die van invloed zouden kunnen zijn op klinisch onderzoek en mogelijk kunnen leiden tot een betere behandeling van patiënten, met inbegrip van therapieselectie en algemene risicobeoordeling. De publicatie van de Ruhr-Universiteit Bochum (Nilius-Eliliwi et al.) is een gecombineerde review van 11 peer-reviewed papers over 509 monsters van proefpersonen in acute myeloïde leukemie (AML), acute lymfoblastische leukemie (ALL) en myelodysplastisch syndroom (MDS) onderzoeken, inclusief de eigen onafhankelijke studie van de auteurs van 42 AML en MDS monsters.

De auteurs concludeerden dat OGM een onbevooroordeelde genoombrede analyse van structurele varianten (SV's) met hoge resolutie biedt. De auteurs merkten op dat OGM in een enkele workflow het grootste deel van het huidige diagnostische rendement van traditionele cytogenetische methoden kan combineren met aanzienlijke aanvullende informatie over ongeziene SV's en de verduidelijking van eerder onduidelijke bevindingen. De auteurs merkten ook op dat OGM momenteel onbekende varianten kan opsporen, die inzicht kunnen geven in de ziektebiologie en de risicostratificatie kunnen verfijnen.

De onafhankelijke studie van de onderzoekers gebruikte OGM om 35 AML-monsters en 7 MDS-monsters te analyseren en rapporteerde: OGM had een concordantiepercentage van 91% met traditionele cytogenetische methoden voor AML-gevallen met aanvullende informatie gedetecteerd in 64% van de monsters; OGM had een concordantiepercentage van 83% met traditionele methoden voor MDS-gevallen met aanvullende informatie gedetecteerd in 50% van de monsters; de detectiedrempel van OGM kon worden verlaagd tot een variant allel fractie (VAF) van 1-2% met een 600x dekking protocol; OGM biedt een vereenvoudigde workflow, met resultaten die kunnen worden gegenereerd in 4 dagen zonder de noodzaak van celkweek en andere complexiteiten die in traditionele cytogenetische methoden. De publicatie van het Universitair Ziekenhuis van Clermont-Ferrand (Soler et al.) evalueerde de prestaties van OGM ten opzichte van traditionele cytogenetische methoden in 29 monsters gekenmerkt als AML of ALL. In het algemeen had de OGM een hoge concordantie met traditionele cytogenetische methoden en detecteerde een aantal aanvullende bevindingen waarvan kon worden bevestigd dat ze pathogeen of waarschijnlijk pathogeen waren en die een belangrijke rol zouden spelen bij het beïnvloeden van het ziektebeheer.

OGM was 100% concordant met prognostische classificatie uitgevoerd met traditionele cytogenetische methoden; OGM detecteerde aanvullende cytogenetische en moleculaire afwijkingen die niet werden beschreven door standaardtechnieken, waaronder aberraties die cryptisch zijn op het niveau van het karyotype in 6 monsters; OGM identificeerde de betrokkenheid van kandidaat-genen met een bekende of vermeende rol in leukemogenese of als therapeutische doelen, waaronder TP53, TCL1A, KMT2A, CDK6 of BCL11B. De publicatie van de Universiteit van Oulu (Valkama et al.) is een van de eerste studies waarin het nut van OGM in chronische lymfocytaire leukemie (CLL)-monsters wordt geëvalueerd. OGM was volledig concordant met een vier-probe fluorescentie in situ hybridisatie (FISH) panel in 18 monsters en was ook in staat om aanvullende genetische variaties te detecteren, waaronder zowel ongebalanceerde als gebalanceerde SV's.

Belangrijk is dat met OGM ook prognostisch significante complexe karyotypen, niet op te sporen met FISH, konden worden opgespoord in drie monsters, die in verband worden gebracht met een kortere overleving en een gevorderde ziekte. De auteurs concludeerden dat OGM een krachtig instrument is voor genoombrede SV-analyse en het potentieel heeft om te dienen als eersterangs cytogenetische test voor CLL. OGM was 100% concordant met traditionele cytogenetische methoden; aanvullende chromosoomafwijkingen werden ontdekt in 78% van de monsters, waaronder complexe karyotypes, die niet op te sporen zijn met FISH; de auteurs meldden een hoge gevoeligheid in complexe monsters waar pathogene varianten in zeer lage overvloed aanwezig waren, met een VAF van 3-9%.